Plan dość dokładny i napięty
Wg mnie sporo jak na jeden wyjazd, my robiliśmy w 3tygodnie podobną trasę tylko bez wyspy Menjangan i bez zwiedzania Flores (Kelimutu itd). Jak mogę poradzić to jeśli masz być w jakimś miejscu 1 dzień to od razu sobie lepiej daj spokój i załóż sobie na cały pobyt z 2-3 dni zapasu na wypadek jakiejś obsuwy (brak transportu, opóźnienia itp), bo to się często zdarza. Na pewno dwa dni na Gili to mało, przypłyniesz tam najwcześniej około południa i masz tylko pół dnia,a i później przedostanie się z Gili do Dżakarty w 1 dzień..no chyba że z Denpasar samolotem, ale to też przy dobrych wiatrach Myślę, że brakuje w tym planie kilku dni prawdziwego odpoczynku (chyba że Ci na tym nie zależy), bo jest sporo zwiedzania i będziesz tym ciągłym przemieszczaniem się zmęczona (zwłaszcza w takiej formie jak to wygląda w Indonezji), więc proponuje na koniec na Gili kilka dni na sam relaks. Z drugiej strony jak na Flores posnurklujesz/ponurkujesz to Gili Cię zbyt nie zaskoczy..Na Bali polecam na pewno pojechać na wodospad Sekumpul (z Ubud), a co do rejsu to ja polecam Peramę http://www.peramatour.com/ - robiliśmy z nimi rejs Lombok-Komodo-Labuan Bajo i wycieczkę przez Jawę po wulkanach i byli ok
Najłatwiej iść do nich do biura i się dogadać, załatwią Ci wszystko po kolei -mają biura i w Ubud i w Labuan Bajo. 
Perama np. miała mniejszą łódkę, którą nas zabierała na odwiedzane plaże (np. Pink Beach). My byliśmy w Indonezji w czerwcu 2015, jak coś to polecam swoją relację - może coś jeszcze Ci pomoże w decyzjach 